El pingüino de Humboldt actualmente está clasificado como vulnerable en cuanto a su estado de conservación. Las poblaciones están experimentando serias disminuciones debido a la pesca comercial y extracción de los peces que son su alimento, el enredo en redes de pesca, el retiro comercial del guano y cambio climático. Para recuperar las poblaciones de esta especie en el año 1990, se creó la Reserva Nacional Pingüino de Humboldt, administrada por CONAF.